Kartu su katedromis centrai yra akademiniai šakiniai padaliniai, kurie rūpinasi mokslo tiriamąja veikla jiems priskirtoje tyrimų srityje. Institute centrai yra atsakingi už mokslinius tyrimus, kurie nėra tiesiogiai susiję su kurios nors vienos katedros tyrimų sritimi, tačiau manoma, kad tokie tyrimai ir kompetencija yra svarbūs Institutui. Centruose skatinama bendradarbiauti skirtingų katedrų mokslininkus, bei atlikti tarpdisciplininius tyrimus.

Rusijos ir Vidurio Rytų Europos studijų centre siekiama vykdyti Rusijos, Vidurio Rytų Europos regiono ir jo valstybių (Baltarusijos, Čekijos, Lenkijos, Moldovos, Slovakijos, Ukrainos, Vengrijos) mokslinius ir ekspertinius tyrimus bei prisidedėti prie Instituto studijų proceso organizavimo su Centro problematika susijusiais klausimais. Siekiama, kad centras taptų tarpdiscipliniu Rusijos ir VRE regiono tyrimų centru. 

Šiuo metu centre įgyvendinami du mokslinių tyrimų projektai: vienas, susijęs su Rusijos tapatybės tyrimais, kitas - apie Rusijos ir VRE šalių santykius. Centras taip pat organizuoja TSPMI Rusijos studijų seminarus, vykstančius jau antrus metus.

Šiaurės Europos studijų centro kūrimo idėja susijusi su jau kurį laiką Lietuvos užsienio politikos formuotojų akcentuojama Baltijos-Šiaurės šalių (NB) bendradarbiavimo idėja, kuriai vis daugiau dėmesio skiriama ir politiniame lygmenyje, ir įgyvendinant konkrečius projektus.

TSPMI ir jo tyrėjai vis labiau įsitraukia į NB šalių mokslininkų tinklus, aktyviai dalyvauja E-PINE (JAV ir NB) veikloje. Keli TSPMI tyrėjai yra įsitraukę į Šiaurės mokslo tarybos remiamą projektą „The Nordic Baltic Small States: Perceptions on Economy, Security and Identity in an increasingly regionalized Europe“. 2012 m. gegužės pradžioje bendradarbiaujant su Suomijos Europos saugumo komitetu Institute planuojama Nordic Forum konferencija, kurioje dalyvaus apie 100 NVO aktyvistų, tyrėjų ir politikų iš Šiaurės ir Baltijos valstybių. Tad šio centro įsteigimas žymi TSPMI siekį gilinti žinias ir vykdyti tyrimus tiek su NB šalių partneriais, tiek ir apie NB šalių problematiką bei aktualias (lyginamojo pobūdžio) tyrimų problemas. 

Institute dar veikia Viešojo administravimo ir politikos analizės centras, kuriam vadovauja prof. Vitalis Nakrošis.

Daugiau apie TSPMI centrus